Systematikk og orden er helt essensielt i undersøkende journalistikk. Det samme er dokumentasjon. I oppstartfasen bør det opprettes en mappe over prosjektet. Mappen er et viktig verktøy for oversikt og kvalitetssikring, arbeidsfordeling, samarbeid og kontinuitet. Mappen bør inneholde researchmaterialet (navn på kilder, tall/statistikk, innsynsforespørsler, etc.) og egne faner for diskusjon av etiske problemstillinger, fordeling av arbeidsoppgaver, tidsplaner, plan for publisert produkt etc. Mappestrukturen er både journalist og leders arbeidsverktøy. Her er et eksempel på en enkel mappestruktur:
En felles prosjektmappe gjør det enklere for leder å ha oversikt over prosjektet, samtidig som det også skaper forventinger hos journalistene om aktiv ledelse og dialog. Prosjektmapper gjør kort og godt kommunikasjonen mellom journalister og reportasjeledere enklere og bedre fordi begge parter til enhver tid har tilgang på den samme informasjonen. SUJO anbefaler også å skrive logg underveis. Loggen kan brukes til å holde oversikt over arbeidsprosessen, skrive ned utfordringer en møter underveis og dokumentere veivalg når det gjelder kilder og etikk.
Det er viktig å understreke at prosjektmapper er et middel for å nå et mål, nemlig god journalistikk. Prosjektmapper er ikke et mål i seg selv. SUJO har erfart at noen prosjektmapper kan ese ut, eller at uvesentlig detaljer i dokumentasjonsarbeidet kan stjele fokus fra retningen og målet med journalistikken. Vårt råd er derfor å ikke lage prosjektmappen mer omfangsrik og detaljert enn nødvendig.
Prosjektmappen vil senere bli sentral i linje for linje-sjekken, der materialet som skal publiseres blir gjennomgått i detalj. Mappen kan også være viktig for eventuelle konflikter med kilder, klager og for en eventuell PFU-behandling. Noen undersøkende prosjekter krever sikrere kommunikasjon enn andre. Prosjektmapper deles med de aktuelle medarbeiderne og har tilganger og sikkerhetsnivå tilpasset hvert prosjekt. Prosjektmapper er også relevante for graving i nyhetsløpet, og spesielt når ulike journalister bidrar i ulike faser av et pågående prosjekt.